Rui Vieira Nery nasceu em Lisboa em 1957. Iniciou os seus estudos musicais na Academia de Música de Santa Cecília e prosseguiu-os no Conservatório Nacional de Lisboa, onde foi aluno de Melina Rebelo (Piano), Constança Capdeville (Composição) e Macario Santiago Kastner (Musicologia e Interpretação de Música Antiga). É Licenciado em História pela Faculdade de Letras de Lisboa (1980) e Doutorado em Musicologia pela Universidade do Texas em Austin (1990), que frequentou como Fulbright Scholar e bolseiro da Fundação Calouste Gulbenkian, e onde trabalhou, designadamente, com os Professores Robert Snow, Gérard Béhague, Douglass Green, Michael Tusa e Elliot Antokoletz.

De 1985 a 2000 ensinou no Departamento de Ciências Musicais da Universidade Nova de Lisboa e é actualmente Professor Associado do Departamento de Artes da Universidade de Évora. È desde 1992 Director-Adjunto do Serviço de Música da Fundação Calouste Gulbenkian, onde é directamente responsável pelas actividades de Música Antiga e Musicologia.

Como musicólogo, é autor de diversos estudos sobre História da Música Portuguesa, dois dos quais receberam o Prémio de Ensaísmo Musical do Conselho Português da Música (1984 e 1992), bem como de largo número de artigos científicos publicados em revistas e obras colectivas especializadas, tanto portuguesas como internacionais. É frequentemente convidado a participar em congressos e seminários científicos e a proferir conferências, em todo o País e em vários países da Europa, nos Estados Unidos e no Brasil. Os seus temas de investigação incluem a problemática do Maneirismo e do Barroco na Música Ibérica e os processos de interpenetração cultural na Música Portuguesa, do vilancico à modinha e ao fado. Trabalha presentemente na revisão para publicação da sua tese de Doutoramento sobre a Biblioteca de Música de D. João IV, num estudo de fundo sobre a vida musical luso-brasileira, na óptica dos viajantes estrangeiros do final do Antigo Regime (1750-1834), e em diversos projectos de edição de Música portuguesa dos séculos XVI a XVIII.

Como crítico e colunista musical foi colaborador dos semanários Expresso e O Independente. É colaborador regular da Antena Dois da RDP (programas Sons Intemporais e Ressonâncias, este último com Vanda de Sá) e da RTP 2 (programas Andamentos e Acontece). Em todos estes meios desenvolve uma actividade intensa de divulgação da Música erudita. Foi Consultor Musical da Comissão Nacional para as Comemorações dos Descobrimentos Portugueses, da Régie Cooperativa Sinfonia e da Fundação de Serralves. Entre Novembro de 1991 e Junho de 1992 foi responsável pela concepção do projecto artístico do Centro de Espectáculos do Centro Cultural de Belém. É desde 1999 membro do júri do Prémio Pessoa (Expresso/Unysis).

Entre Outubro de 1995 e Outubro de 1997 desempenhou as funções de Secretário de Estado da Cultura no XIII Governo Constitucional. Em 2002 o Presidente da República, Dr. Jorge Sampaio, atribuiu-lhe a comenda da Ordem do Infante D. Henrique por serviços prestados a estudo da Cultura Portuguesa.